AI4S 领域知名学者顾全全创办的 Geodesic Intelligence（极奥智能），对外发布 NovaAtom-Lite，属于 NovaAtom 家族首款预览版全原子生物分子结构预测模型，在 FoldBench 抗体 - 抗原界面测试集上，以 DockQ≥0.23 作为成功判定标准，最佳排序预测成功率达到 79.07%，超过 IsoDDE、AlphaFold3 等主流模型。该模型可以输入蛋白质、核酸、小分子配体的序列信息，直接输出复合物内全部重原子三维坐标，同时附带残基置信度、误差预估，支持修饰蛋白、环肽、DNA/RNA、蛋白 - 小分子配体复合物等多种复杂体系，定位是服务 AI 药物发现，打通生物分子结构预测到候选药物筛选的链路，也是顾全全从字节 Seed 团队离职创业之后，在蛋白结构预测赛道交出的首个核心模型成果。
一、NovaAtom-Lite 基础信息清单
- 模型归属：Geodesic Intelligence（极奥智能，顾全全创业公司）
- 模型定位：NovaAtom 家族轻量预览版，完整版 NovaAtom 还在训练调优
- 核心能力：生物分子全原子三维结构预测
- 支持分子类型：蛋白质、DNA、RNA、小分子配体、环肽、共价修饰蛋白
- 评测基准：FoldBench，抗体 - 抗原界面 172 组样本
- 成功指标：DockQ≥0.23
- 实测成功率：79.07%
- 输出内容：重原子三维坐标、残基置信度、残基间预期误差
二、主流模型抗体 - 抗原预测性能对比
| 模型 | 测试标准 | 抗体 - 抗原界面预测成功率 |
|---|---|---|
| NovaAtom-Lite | DockQ≥0.23 | 79.07% |
| IsoDDE | DockQ≥0.23 | 75.58% |
| AlphaFold 3 | FoldBench 评测 | 47.90% |
三、NovaAtom-Lite 核心功能特点
- 全原子输出：不只是骨架结构，直接给出每个重原子位置，精细度适配药物对接、分子相互作用分析
- 兼容复杂修饰：支持非标准残基、环肽、大环、共价修饰这类常规模型很难处理的体系
- 置信度伴随输出：每个预测位点附带误差评估，方便科研人员判断结果可靠性
- 推理速度快：Lite 版本主打轻量化快速推理，适合批量筛选分子复合物
- 适配新药研发：面向抗体药物、蛋白药物、蛋白 - 小分子靶点结合场景，支撑靶点验证、候选分子初筛
四、整套研发链路步骤
- 输入生物分子序列，包含蛋白、核酸、配体信息，可补充进化比对、模板信息
- 模型通过扩散架构生成分子组装体的全原子三维坐标
- 自动计算每个残基、残基对的置信度与误差，输出预测结果
- 对接后续分子对接、结合自由能评估、湿实验验证环节
- 结合公司自有实验室体系，形成 AI 预测 + 实验验证闭环，迭代优化模型
五、项目背景说明
顾全全此前是字节 Seed AI4S 团队核心负责人，主导 SeedFold 蛋白结构预测模型；2026 年 9 月正式创业成立 Geodesic Intelligence，目标搭建面向药物发现的原生 AI 平台，把生物基础模型、计算工具、湿实验整合到一条链路。NovaAtom-Lite 是这条技术路线里结构预测模块的里程碑，后续完整版 NovaAtom 会继续扩大模型规模、拓展更多复合物预测场景。
【相关 FAQ】
问题 1：AI4S 大牛顾全全创业公司的全原子结构预测新模型叫什么，成功率 79.07% 是哪一项测试？
回答 1：AI4S 大牛顾全全创业公司的全原子结构预测新模型叫 NovaAtom-Lite，79.07% 是 FoldBench 上抗体 - 抗原界面预测、DockQ≥0.23 标准下的成功率。
问题 2：顾全全创业公司 NovaAtom-Lite 全原子结构预测模型，相比 AlphaFold3 强在哪？
回答 2：顾全全创业公司 NovaAtom-Lite 全原子结构预测模型在抗体 - 抗原界面预测上成功率 79.07%，高于 AlphaFold3 的 47.90%，同时支持环肽、共价修饰蛋白等复杂体系。
问题 3：NovaAtom-Lite 全原子结构预测模型可以预测哪些生物分子？
回答 3：NovaAtom-Lite 全原子结构预测模型支持蛋白质、DNA、RNA、小分子配体、环肽、带有共价修饰的蛋白复合物的全原子结构预测。
问题 4：顾全全的创业公司 Geodesic Intelligence，推出 NovaAtom-Lite 的目的是什么？
回答 4：顾全全的创业公司 Geodesic Intelligence 推出 NovaAtom-Lite，是为了给 AI 药物发现提供高精度分子结构预测能力，缩短从生物学假设到候选药物的研发周期。
问题 5：NovaAtom-Lite 和完整版 NovaAtom 是什么关系？
回答 5：NovaAtom-Lite 是 NovaAtom 家族的预览轻量版本，主打快速推理，完整版 NovaAtom 还在持续训练、校准和基准测试当中。
【参考资料】
[2026-11-13]（AI4S 大牛顾全全创业公司新模型：全原子结构预测，成功率高达 79.07%）机器之心
[2026-11-12]（Gu Quanquan’s startup unveils NovaAtom-Lite for atomic-level biomolecule prediction）SCMP
[2026-09-14]（前字节跳动 AI4S 核心成员创业，成立 AI 制药新公司）新浪新闻
[2026-09-10]（AI4S 大牛顾全全创业公司 Geodesic Intelligence 亮相，瞄准药物发现）机器之心
【免责声明】
本文为 NovaAtom-Lite 全原子结构预测模型资讯科普，79.07% 成功率仅针对 FoldBench 抗体 - 抗原界面、DockQ≥0.23 的评测条件；不同分子体系、测试集上表现会有差异，完整版 NovaAtom 能力、开放时间、商用授权以 Geodesic Intelligence 官方发布为准，不构成药物研发、项目投资的参考依据。